性能问题：MySQL在处理大规模数据和高并发访问时可能会面临性能问题。由于MySQL使用的是锁定机制来处理并发访问，当多个用户同时访问数据库时，可能会导致性能下降。

扩展性问题：MySQL的扩展性受到一些限制。当需要处理大量数据或者需要更高的并发访问时，可能需要对数据库进行分片或者使用集群来实现扩展，这增加了部署和维护的复杂性。

存储引擎限制：MySQL支持多种存储引擎，如InnoDB、MyISAM等。每个存储引擎都有其自身的特点和限制。例如，MyISAM存储引擎在处理大量写操作时性能较差，而InnoDB存储引擎在处理大量读操作时性能较差。选择合适的存储引擎对于优化数据库性能非常重要。

复杂的配置和优化：MySQL有很多配置选项和优化技巧，但对于非专业人士来说，配置和优化MySQL可能是一项挑战。不正确的配置和优化可能导致性能下降或者不稳定的数据库。

安全性问题：MySQL在默认配置下可能存在一些安全风险。例如，默认情况下，MySQL允许使用空密码进行连接，这可能导致未经授权的访问。此外，MySQL还可能受到一些常见的安全漏洞和攻击，如SQL注入、暴力破解等。

限制的功能：相对于其他一些数据库管理系统，如Oracle或SQL Server，MySQL在一些高级功能方面可能存在一些限制。例如，MySQL在处理复杂的分析查询、事务处理和并发控制方面可能不如其他数据库系统。